Studi recenti hanno permesso di identificare 3 sottospecie e 6 filotipi differenti del microrganismo: C. acnes  subsp. difende (tipo II), C. acnes  subsp. elongatum (tipo III) e Cutibacterium acnes subsp. acnes (tipo I) suddivisa nei filotipi IA1, IA2, IB, IC. Particolarmente interesse è che i ceppi di tipo I sono più spesso associati all’acne vulgaris, mentre i ceppi di tipo II si rinvengono più frequentemente sulla pelle sana o nelle infezioni dei tessuti più profondi. Sebbene appaia al momento evidente il ruolo fondamentale del microrganismo nell’eziopatologia della malattia rimane ancora da chiarire quale siano i meccanismi chiave che ne attivano la patogenicità. E’ quindi stato intrapreso un percorso di studio per approfondire le relazioni dei vari filotipi di C. acnes tra loro, con le cellule epidermiche, con il sistema immunitario e con il resto del microbioma cutaneo in condizioni di patogenicità e non. La ricerca punta inoltre a stabilire come i vari filotipi del batterio influiscano sulla gravità della manifestazione acneica.